工业生物技术研究所是江苏省产业技术研究院下属的专业所，技术依托南京工业大学国家生化工程技术研究中心，成立两个法人实体单位：南京高新工大生物技术研究院有限公司、江苏集萃工业生物技术研究所有限公司，实施“一所两制”。高校运行机制的南京工业大学国家生化工程技术研究中心，负责原创成果产出，市场化运行的实体公司负责原创技术二次开发，技术转移。公司拥有研发场地7800 平方米，围绕微生物育种、微生物发酵、生态环保、过程集成与强化、酶工程与生物信息学、营养与健康六个平台开展研究工作。